L’aéroport international de San Francisco est un des plus grands aéroports américains et le deuxième de Californie. Il est situé à 21 km au sud de San Francisco. C’est une plateforme de correspondance (hub) pour United Airlines, et le hub principal de Virgin America. C’est un des trois principaux aéroports dans la région de la baie de San Francisco, avec ceux d’Oakland et de San Jose.

Le port de San Francisco s'étend le long de la baie de San Francisco, du Golden Gate Bridge à l'ouest jusqu'à Candlestick Point à l'extrémité sud-est de la ville. Le port comprend plusieurs ensembles d'infrastructures : Marina district, Fisherman's Wharf, Embarcadero, Pier 70... Le port de San Francisco accueille chaque année entre 60 et 80 paquebots et 200 000 passagers. Les croisières passant par San Francisco vont vers l'Alaska et le Mexique. Il existe trois marinas : Pier 39, South Beach Harbor et The Ramp.

Le Golden Gate Bridge (littéralement le « pont de la porte d'or ») est un pont suspendu de San Francisco qui traverse le Golden Gate, détroit qui correspond à la jonction entre la baie de San Francisco et l’océan Pacifique. Il relie ainsi la ville de San Francisco, située à la pointe nord de la péninsule à la ville de Sausalito, située à la pointe sud. Sa construction, qui s’est heurtée à de nombreuses difficultés, a débuté en 1933 et s’est étalée sur une durée de quatre ans. Il constitue aujourd’hui le monument le plus célèbre de San Francisco. Il est en outre aisément reconnaissable de par sa couleur « orange international » et par l’architecture de ses deux tours. Cet ouvrage d'art fait partie des sept merveilles du monde moderne.

L'île d'Alcatraz est une île située dans la baie de San Francisco à 2,4 km de la côte. Elle fut nommée ainsi par les Espagnols car elle servait de refuge à de nombreux pélicans (alcatraces, en espagnol). Cette île hébergea une forteresse militaire pendant plusieurs décennies (1850-1909), puis une prison militaire (1909-1933) et une prison fédérale de haute sécurité (1934-1963). Occupé par les Amérindiens de 1969 à 1971, le complexe d'Alcatraz est aujourd'hui reconverti en un site historique géré par le service des parcs nationaux des États-Unis. Il est visité chaque année par plus d'un million de touristes et demeure un lieu d'observation des oiseaux de la baie. Le phare d'Alcatraz est le plus vieux phare en activité de la côte Ouest des États-Unis et fonctionne depuis 1854.